Muchas bacterias tienen la capacidad de degradar una variedad de contaminantes ambientales y utilizarlos como sustratos de crecimiento lo cual las convierte en una poderosa herramienta para eliminar los contaminantes peligrosos que están causando un daño irreversible a la biosfera.
Lejos de las condiciones controladas en el laboratorio la supervivencia microbiana en los hábitats naturales suele verse amenazada por las constantes fluctuaciones de las condiciones ambientales. Las bacterias han aprendido a adaptarse a estas situaciones de estrés, ajustando su perfil transcripcional y optimizando la expresión de sus genes. Nosotros estudiamos la regulación génica y los mecanismos reguladores (proteínas reguladoras, ARN reguladores, función de los genes inducidos etc.) que permiten a las bacterias degradadoras de contaminantes ambientales desencadenar la respuesta apropiada tanto fisiológica como metabólica a cada condición ambiental.
Nos enfocamos en dos aspectos de la regulación:
- Estudio de la Respuesta General al Estrés (GSR) de Sphingopyxis granuli TFA, una Alfaproteobacteria capaz de crecer con el disolvente orgánica tetralina (1,2,3,4-tetrahidronaftaleno) como única fuente de carbono y energía. La GSR es respuesta global de protección bacteriana contra una amplia variedad de estreses. Esta respuesta está controlada por factores sigmas de función extracitoplásmica (ECF). La cascada reguladora implica además de los ECF, la proteína anti-sigma NepR y la anti-anti sigma PhyR
- Caracterización global de la regulación del metabolismo anaerobio en Sphingopyxis granuli TFA. TFA es la única Sphingopyxis descrita con capacidad de crecer en condiciones anaeróbicas respirando nitrato. Este nuevo metabolismo la hace especialmente interesante ya que le permite habitar nuevos nichos ecológicos. Como parte de esta respuesta trabajamos en la identificación y caracterización de pequeños ARN reguladores en anaerobiosis y en la regulación de los genes flagelares a la disponibilidad de oxígeno.
