Nuestro grupo de biología computacional está interesado en la anotación y análisis de genomas completos, con especial enfasis en el estudio de pangenomas bacterianos. Nuestro especial interés se centra en el análisis de la relación entre bacteriófagos y bacterias, y los sistemas de defensa y anti-defensa que usan en su constante lucha. En este contexto, el estudio de los sistemas inmunes bacterianos CRISPR-Cas, y como éstos se expanden y distribuyen dependiendo del contexto, es una de nuestras principales líneas de investigación actualmente.

Hipótesis de trabajo sobre la adquisición de sistemas CRISPR-Cas propuesta en Rubio et al., Sci. Adv. (2023).
En el campo de las enfermedades raras, nos interesa también el estudio de la enfermedad rara Atrofia Muscular Espinal (AME), con la cual trabajamos en la búsqueda de genes modificadores y fármacos que aumenten la cantidad de la proteína SMN, cuya falta provoca la enfermedad.