Nuestro grupo de bioinformática está interesado en la anotación y evaluación de genomas completos, con énfasis en el análisis de la función de proteínas. En este campo, hemos desarrollado y publicado herramientas bioinformáticas, que están disponibles para su uso público desde el sitio web de nuestro grupo (
http://www.bioinfocabd.upo.es). Uno de nuestros principales intereses es el análisis de proteínas implicadas en enfermedades humanas, incluidas enfermedades infecciosas, incluyendo proteínas implicadas en desarrollo, mediante alineamientos de secuencia, análisis estructurales y filogenias moleculares. En los últimos años, debido a la gran disponibilidad de genomas completos, estamos realizando análisis de pangenomas, especialmente de genomas bacterianos, para buscar genes relacionados con funciones específicas, como la implicación en sistemas CRISPR-Cas endógenos o relaciones intercelulares como las que se generan en los biofilms, utilizando machine learning. En relación con este tema, también estamos interesados en la búsqueda de nuevas proteínas Cas de sistemas CRISPR-Cas para su uso en biotecnología.
Hipótesis de trabajo sobre la adquisición de sistemas CRISPR-Cas propuesta en Rubio et al., Sci. Adv. (2023).
En el campo de las enfermedades raras, nos interesa especialmente la Atrofia Muscular Espinal, con la cual trabajamos en la búsqueda de genes modificadores y fármacos que aumenten la cantidad de la proteína SMN, cuya falta provoca la enfermedad.