Servicio de Microscopía Óptica Avanzada y Análisis de Imagen (ALMIA)

Vínculos rápidos:
1. DEFINICIÓN DEL SERVICIO
2. SERVICIOS OFRECIDOS
3. PERSONAL Y CONTACTO
4. EQUIPAMIENTO
5. TARIFAS
6. Publicaciones y recursos online
7. BIBLIOGRAFÍA

1. DEFINICIÓN DEL SERVICIO

Los investigadores del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD) utilizan la microscopía óptica como herramienta para estudiar el desarrollo de células, órganos y embriones en diferentes organismos modelo. La mayoría de los sistemas experimentales muestran una organización tridimensional muy compleja, tanto a nivel celular como de organismo, por lo que es de vital importancia el acceso a las técnicas de microscopía más punteras.

La Unidad de Microscopía Óptica Avanzada y Análisis de Imagen (ALMIA) proporciona a los investigadores asesoramiento y formación en un amplio rango de técnicas de adquisición de imágenes y análisis de datos. El Servicio dispone de una variedad de instrumentos que permiten el estudio de muestras finas, gruesas o incluso de organismos completos. ALMIA está especializada en las siguientes áreas:

   Imagen de célula viva con sistemas widefield y spinning disk
   Microscopía Confocal de Barrido para muestras fijadas y vivas
   Microscopía de Super-Resolución
   Microscopía Lightsheet

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2. SERVICIOS OFRECIDOS

    A. Técnicas Disponibles:

  • Wide-field
     
  • Confocal de barrido y spinning disk
     
  • Super-Resolución
        PALM/STORM
        Zeiss Airyscan
        Leica LIGHTNING

  • Microscopía de Hoja de Luz (Lightsheet)
     
  • Técnicas Avanzadas
        Multifotón
        Ablación láser

    B. Análisis de Imagen y Datos

  • Consultoría y diseño de experimentos que impliquen microscopía y análisis de imagen
  • Análisis e interpretación de imágenes biológicas
    • Herramientas: FIJI, Imaris
  • Análisis estadístico de los resultados obtenidos del análisis de imagen
    • Herramientas: R, Orange3
  • Diseño y automatización de protocolos de análisis de imagen
    • Herramientas: Programación de Macros
  • Aplicación de técnicas de “data mining” y “data science” al conjunto de datos biológicos procedentes del análisis de imagen.
    • Herramientas: Python, Machine Learning, Clustering Techniques
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3. PERSONAL Y CONTACTO


Fernando Casares - Coordinador Científico.
 
Katherina García - Responsable Técnico. CSIC.  954977432.
 
Alejandro Campoy - Analista de datos. 954978965.
 
Juan Carlos Millan - Técnico.
 
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4. EQUIPAMIENTO

La Unidad de Microscopía Óptica Avanzada y Análisis de Imagen del CABD está equipada con los siguientes microscopios:

    1. Microscopio Confocal Leica SPE

  • Microscopio Vertical DM 2500
  • Objetivos: 10x aire, 20x multi-inmersión, 40x aceite, 63x aceite
  • Detectores: 1 PMT con detección espectral
  • Líneas de láser: 405 nm, 488nm, 532nm, 635nm
  • Software: LAS X

 

    2. Sistema de Restauración de Imagen DeltaVision

  • Microscopio Invertido Olympus IX71
  • Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aceite, 60x aceite, 100x aceite
  • Cámara: CoolSnap HQ
  • Control de Temperatura
  • Configuración de los filtros

Excitacn

Emisión

360/40

457/50

436/10

465/30

470/40

528/38

492/18

535/30

555/28

617/73

640/20

685/40

 

  • Campo claro y DIC
  • Software: Softworx

 

    3. Microscopio de Fluorescencia Zeiss Axio Imager. M2

  • Microscopio vertical
  • Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aire, 63x aceite, 100x aceite
  • Cámara: AxioCam MRm
  • Configuración de filtros:

Excitacn

Emisión

365

445/50

470/40

525/50

546/12

575-640

640/30

690/50

 

  • Módulo Apotome
  • Campo claro y DIC
  • Software: AxioVision

 

    4. Microscopio Confocal Nikon A1R

  • Microscopio Invertido Nikon Eclipse Ti
  • Objetivos: 10x aire, 20 IMM, 40x aceite, 60x aceite
  • Líneas de laser 405nm, Ar (457nm, 488nm, 514nm), 561nm, 640nm
  • Detector espectral de 32-canales de 400 a 750 nm
  • 1 detector de transmisión
  • 4 PMT
  • Filtros de Emisión: 450/50, 482/35, 525/50, 540/30, 515/30, 595/50, 585/50, 700/75
  • Control deTemperatura
  • CherryTemp para cambios rápidos de temperatura
  • Software: NIS-Elements

 

    5. Microscopio Spinning Disk Roper Scientific-Photometrics

  • Microscopio Invertido Olympus IX-81
  • Yokogawa CSU-X1
  • Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aire, 63x aceite, 100x aceite
  • Líneas de láser: 405nm, 491nm, 561nm
  • Filtros de Emisión: 460/50, 480/40, 525/50, 535/30, 630/75
  • Cámara: CoolSnap HQ2 o Evolve
  • Campo claro y DIC
  • Control de Temperatura
  • Calentador de Objetivo
  • FRAP, Photoablación (355nm) y TIRF
  • Software: Metamorph

 

    6. Microscopio Confocal Leica SP5 MP- AOBS

  • Microscopio Invertido DMI 6000
  • Objetivos: 10x aire, 20x IMM, 25x agua, 40x aceite, 63x aceite
  • Detectores: 2 PMT and 2 HyD con detección espectral
  • Escáner Resonante
  • Líneas de láser: 405nm, Ar multilínea, 561nm, 594nm, 633nm
  • Laser Multifotón Mai Tai Deep See 690-1040nm
  • 2 detectores externos (NDDs) para microscopía multifotón
  • Control de Temperatura
  • Software: LAS AF

 

    7. Microscopio Confocal Zeiss 880 Airyscan-Elyra

  • Microscopio Invertido
  • Objetivos: 10x aire, 25x IMM, 40x agua, 63x aceite, 100x aceite
  • Detectores: 2 PMT and 1 GaAsp con detección espectral
  • Líneas de Láser: 405nm, Ar multilínea, 561nm, 633nm
  • Elyra: STORM/PALM. Líneas de láser: 405nm, 488nm, 640nm
  • Control de Temperatura y CO2
  • Software: Zen

 

    8. Microscopio Confocal  Leica Stellaris 5

  • Microscopio Invertido DMI8
  • Objetivos: 10x aire, 20x aire, 20x IMM, 40x aire, 40x aceite, 63x aceite
  • Detectores: 4 HyD S con detección espectral
  • Líneas de Láser : 405nm, 488nm, 561nm, 638nm
  • Alta Resolución: LIGTHNING
  • Software: LAS X

 

 

    9. Spinning Disk 3i (Intellingent Imaging Innovations)

  • Microscopio Invertido Zeiss
  • Yokogawa CSU-W1
  • Objetivos: 63x aceite, 100x aceite
  • Líneas de Laser : 405nm, 445nm, 488nm, 514nm, 561nm, 640nm
  • Filtros de Emisión : 445/45, 482/35, 525/30, 525/50, 542/27,617/73, 692/40
  • Cámara: PRIME 95B
  • Campo Claro y DIC
  • Control de temperatura
  • Software: Slide Book

 

 

    10. Zeiss Lightsheet 7

  • Óptica de Iluminación: 5x/0.1 y 10x/0.2, con anillos para ajuste según índice de refracción del medio.
  • Óptica de Detección:
    • 5x/0.1 y 10x/0.2, con anillos para ajuste según índice de refracción del medio.
    • 20x/1.0 para muestras clarificadas con RI=1.53 +/- 0.05
  • Líneas de Láser : 405nm, 488nm, 561nm, 638nm
  • Dos cámaras para adquisición de imágenes de 2 colores simultáneamente
  • Sistema de Incubación: Temperatura y CO2
  • Cubetas y soportes específicos para muestras clarificadas grandes y pequeñas
  • Software: Zen

 

    11. Estación de Trabajo Zen

         FIJI
         ZEN
         Imaris Viewer

    12. Estación de Trabajo Zeus

         FIJI
         IMARIS

    13. Estación de trabajonesis

         FIJI
         IMARIS

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5. TARIFAS

Servicios ofertados
TARIFA 2024 (sin IVA)
UPO Universidades y OPIs Empresas/Otros
Uso Microscopio Confocal 5€/h 15€/h 20€/h
Uso Microscopio Widefield Delta Vision 3€/h 9€/h 12€/h
Uso Microscopio Widefield Axio Imager 2€/h 6€/h 8€/h
Uso Microscopio Lightsheet 5€/h 15€/h 20€/h
Análisis de Imagen
(1 hora de asesoramiento gratis)
15€/h 30€/h 60€/h
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6. Publicaciones y recursos online

Visualizadores de Espectros de Fluorescencia

https://www.thermofisher.com/order/fluorescence-spectraviewer#!/

https://www.bdbiosciences.com/en-us/resources/bd-spectrum-viewer
 

Base de datos de proteínas fluorescentes

https://www.fpbase.org/
 

Educación en Microscopía

http://microscopy.fsu.edu/primer/index.html

www.microscopyu.com/

https://www.olympus-lifescience.com/en/microscope-resource/
 

Red Española de Microscopía Óptica Avanzada

https://remoa.net/
 

Sociedad Española de Microscopía

https://microscopia.org/
 

Iniciativa Europea de Microscopía Óptica

https://elmi.embl.org/

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7. BIBLIOGRAFÍA (Biblioteca UPO)

1. Fluorescence microscopy (1998) Herman, Brian
Oxford: BIOS Scientific Publishers, cop.
(535 HER flu)

2. Introduction to light microscopy (1998) Bradbury, Savile
Oxford (U.K.): Bios Scientific Publishers; New York: Springer
(577 IN)

3. Confocal microscopy: methods and protocols (1999)Totowa, N.J.
Humana Press, cop.
(57 CON)

4. Imaging Living Cells (1999) Rosario Rizzuto. Cristina Fasolato.
Berlin: Springer
(576 IMA)

5. In situ hybridization in light microscopy (2001) Gérard Boca Ratón
(Florida): CRC Press, cop. 2001
(577 MOR in)

6. Methods in cellular imaging (2001)
Oxford: Oxford University Press
(57 MET)

7. Cell biological applications of confocal microscopy (2002)
San Diego: Academic Press, cop.
(576 CELL)

8. Confocal Microscopy for Biologists (2004) Hibbs, A.R.
(57 HIB con)

9. Live cell imaging: a laboratory manual (2005)
Cold Spring Harbor (New York): Cold Spring Harbor Laboratory Press, cop.
(576 LIV)

10. Cell Imaging (2006) D. Stephens.
(576 CELL)

11. Handbook of Biological Confocal Microscopy (2006) Pawley, J. 
Plenum
(57HAN)
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