Vínculos rápidos:
1. DEFINICIÓN DEL SERVICIO
Los investigadores del Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD) utilizan la microscopía óptica como herramienta para estudiar el desarrollo de células, órganos y embriones en diferentes organismos modelo. La mayoría de los sistemas experimentales muestran una organización tridimensional muy compleja, tanto a nivel celular como de organismo, por lo que es de vital importancia el acceso a las técnicas de microscopía más punteras.
La Unidad de Microscopía Óptica Avanzada y Análisis de Imagen (ALMIA) proporciona a los investigadores asesoramiento y formación en un amplio rango de técnicas de adquisición de imágenes y análisis de datos. El Servicio dispone de una variedad de instrumentos que permiten el estudio de muestras finas, gruesas o incluso de organismos completos. ALMIA está especializada en las siguientes áreas:
Imagen de célula viva con sistemas widefield y spinning disk
Microscopía Confocal de Barrido para muestras fijadas y vivas
Microscopía de Super-Resolución
Microscopía Lightsheet
2. SERVICIOS OFRECIDOS
A. Técnicas Disponibles:
- Wide-field
- Confocal de barrido y spinning disk
- Super-Resolución
PALM/STORM
Zeiss Airyscan
Leica LIGHTNING
- Microscopía de Hoja de Luz (Lightsheet)
- Técnicas Avanzadas
Multifotón
Ablación láser
B. Análisis de Imagen y Datos
- Consultoría y diseño de experimentos que impliquen microscopía y análisis de imagen
- Análisis e interpretación de imágenes biológicas
- Herramientas: FIJI, Imaris
- Análisis estadístico de los resultados obtenidos del análisis de imagen
- Diseño y automatización de protocolos de análisis de imagen
- Herramientas: Programación de Macros
- Aplicación de técnicas de “data mining” y “data science” al conjunto de datos biológicos procedentes del análisis de imagen.
- Herramientas: Python, Machine Learning, Clustering Techniques
3. PERSONAL Y CONTACTO
Fernando Casares - Coordinador Científico.
Katherina García - Responsable Técnico. CSIC. 954977432.
Alejandro Campoy - Analista de datos. 954978965.
Juan Carlos Millan - Técnico.
4. EQUIPAMIENTO
La Unidad de Microscopía Óptica Avanzada y Análisis de Imagen del CABD está equipada con los siguientes microscopios:
1. Microscopio Confocal Leica SPE
- Microscopio Vertical DM 2500
- Objetivos: 10x aire, 20x multi-inmersión, 40x aceite, 63x aceite
- Detectores: 1 PMT con detección espectral
- Líneas de láser: 405 nm, 488nm, 532nm, 635nm
- Software: LAS X
2. Sistema de Restauración de Imagen DeltaVision
- Microscopio Invertido Olympus IX71
- Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aceite, 60x aceite, 100x aceite
- Cámara: CoolSnap HQ
- Control de Temperatura
- Configuración de los filtros
Excitación
|
Emisión
|
360/40
|
457/50
|
436/10
|
465/30
|
470/40
|
528/38
|
492/18
|
535/30
|
555/28
|
617/73
|
640/20
|
685/40
|
- Campo claro y DIC
- Software: Softworx
3. Microscopio de Fluorescencia Zeiss Axio Imager. M2
- Microscopio vertical
- Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aire, 63x aceite, 100x aceite
- Cámara: AxioCam MRm
- Configuración de filtros:
Excitación
|
Emisión
|
365
|
445/50
|
470/40
|
525/50
|
546/12
|
575-640
|
640/30
|
690/50
|
- Módulo Apotome
- Campo claro y DIC
- Software: AxioVision
4. Microscopio Confocal Nikon A1R
- Microscopio Invertido Nikon Eclipse Ti
- Objetivos: 10x aire, 20 IMM, 40x aceite, 60x aceite
- Líneas de laser 405nm, Ar (457nm, 488nm, 514nm), 561nm, 640nm
- Detector espectral de 32-canales de 400 a 750 nm
- 1 detector de transmisión
- 4 PMT
- Filtros de Emisión: 450/50, 482/35, 525/50, 540/30, 515/30, 595/50, 585/50, 700/75
- Control deTemperatura
- CherryTemp para cambios rápidos de temperatura
- Software: NIS-Elements
5. Microscopio Spinning Disk Roper Scientific-Photometrics
- Microscopio Invertido Olympus IX-81
- Yokogawa CSU-X1
- Objetivos: 10x aire, 20x aire, 40x aire, 63x aceite, 100x aceite
- Líneas de láser: 405nm, 491nm, 561nm
- Filtros de Emisión: 460/50, 480/40, 525/50, 535/30, 630/75
- Cámara: CoolSnap HQ2 o Evolve
- Campo claro y DIC
- Control de Temperatura
- Calentador de Objetivo
- FRAP, Photoablación (355nm) y TIRF
- Software: Metamorph
6. Microscopio Confocal Leica SP5 MP- AOBS
- Microscopio Invertido DMI 6000
- Objetivos: 10x aire, 20x IMM, 25x agua, 40x aceite, 63x aceite
- Detectores: 2 PMT and 2 HyD con detección espectral
- Escáner Resonante
- Líneas de láser: 405nm, Ar multilínea, 561nm, 594nm, 633nm
- Laser Multifotón Mai Tai Deep See 690-1040nm
- 2 detectores externos (NDDs) para microscopía multifotón
- Control de Temperatura
- Software: LAS AF
7. Microscopio Confocal Zeiss 880 Airyscan-Elyra
- Microscopio Invertido
- Objetivos: 10x aire, 25x IMM, 40x agua, 63x aceite, 100x aceite
- Detectores: 2 PMT and 1 GaAsp con detección espectral
- Líneas de Láser: 405nm, Ar multilínea, 561nm, 633nm
- Elyra: STORM/PALM. Líneas de láser: 405nm, 488nm, 640nm
- Control de Temperatura y CO2
- Software: Zen
8. Microscopio Confocal Leica Stellaris 5
- Microscopio Invertido DMI8
- Objetivos: 10x aire, 20x aire, 20x IMM, 40x aire, 40x aceite, 63x aceite
- Detectores: 4 HyD S con detección espectral
- Líneas de Láser : 405nm, 488nm, 561nm, 638nm
- Alta Resolución: LIGTHNING
- Software: LAS X
9. Spinning Disk 3i (Intellingent Imaging Innovations)
- Microscopio Invertido Zeiss
- Yokogawa CSU-W1
- Objetivos: 63x aceite, 100x aceite
- Líneas de Laser : 405nm, 445nm, 488nm, 514nm, 561nm, 640nm
- Filtros de Emisión : 445/45, 482/35, 525/30, 525/50, 542/27,617/73, 692/40
- Cámara: PRIME 95B
- Campo Claro y DIC
- Control de temperatura
- Software: Slide Book
10. Zeiss Lightsheet 7
- Óptica de Iluminación: 5x/0.1 y 10x/0.2, con anillos para ajuste según índice de refracción del medio.
- Óptica de Detección:
- 5x/0.1 y 10x/0.2, con anillos para ajuste según índice de refracción del medio.
- 20x/1.0 para muestras clarificadas con RI=1.53 +/- 0.05
- Líneas de Láser : 405nm, 488nm, 561nm, 638nm
- Dos cámaras para adquisición de imágenes de 2 colores simultáneamente
- Sistema de Incubación: Temperatura y CO2
- Cubetas y soportes específicos para muestras clarificadas grandes y pequeñas
- Software: Zen
11. Estación de Trabajo Zen
FIJI
ZEN
Imaris Viewer
12. Estación de Trabajo Zeus
FIJI
IMARIS
13. Estación de trabajo Génesis
FIJI
IMARIS
5. TARIFAS
Servicios ofertados
|
TARIFA 2024 (sin IVA) |
UPO |
Universidades y OPIs |
Empresas/Otros |
Uso Microscopio Confocal |
5€/h |
15€/h |
20€/h |
Uso Microscopio Widefield Delta Vision |
3€/h |
9€/h |
12€/h |
Uso Microscopio Widefield Axio Imager |
2€/h |
6€/h |
8€/h |
Uso Microscopio Lightsheet |
5€/h |
15€/h |
20€/h |
Análisis de Imagen
(1 hora de asesoramiento gratis) |
15€/h |
30€/h |
60€/h |
6. Publicaciones y recursos online
Visualizadores de Espectros de Fluorescencia
https://www.thermofisher.com/order/fluorescence-spectraviewer#!/
https://www.bdbiosciences.com/en-us/resources/bd-spectrum-viewer
Base de datos de proteínas fluorescentes
https://www.fpbase.org/
Educación en Microscopía
http://microscopy.fsu.edu/primer/index.html
www.microscopyu.com/
https://www.olympus-lifescience.com/en/microscope-resource/
Red Española de Microscopía Óptica Avanzada
https://remoa.net/
Sociedad Española de Microscopía
https://microscopia.org/
Iniciativa Europea de Microscopía Óptica
https://elmi.embl.org/
7. BIBLIOGRAFÍA (Biblioteca UPO)
1.
Fluorescence microscopy (1998) Herman, Brian
Oxford: BIOS Scientific Publishers, cop.
(535 HER flu)
2.
Introduction to light microscopy (1998) Bradbury, Savile
Oxford (U.K.): Bios Scientific Publishers; New York: Springer
(577 IN)
3.
Confocal microscopy: methods and protocols (1999)Totowa, N.J.
Humana Press, cop.
(57 CON)
4. Imaging Living Cells (1999) Rosario Rizzuto. Cristina Fasolato.
Berlin: Springer
(576 IMA)
5.
In situ hybridization in light microscopy (2001) Gérard Boca Ratón
(Florida): CRC Press, cop. 2001
(577 MOR in)
6.
Methods in cellular imaging (2001)
Oxford: Oxford University Press
(57 MET)
7.
Cell biological applications of confocal microscopy (2002)
San Diego: Academic Press, cop.
(576 CELL)
8. Confocal Microscopy for Biologists (2004) Hibbs, A.R.
(57 HIB con)
9.
Live cell imaging: a laboratory manual (2005)
Cold Spring Harbor (New York): Cold Spring Harbor Laboratory Press, cop.
(576 LIV)
10.
Cell Imaging (2006) D. Stephens.
(576 CELL)
11.
Handbook of Biological Confocal Microscopy (2006) Pawley, J.
Plenum
(57HAN)