Resumen
Cinco publicaciones relevantes
Miembros del laboratorio y Colaboradores
Las pautas de lectura cortas de menos de 100 codones son un misterio omnipresente en los genomas animales, y sin embargo, son fundamentales para nuestra comprensión de funciones peptídicas y de los ARN presuntamente no codificantes. Nuestro grupo es uno de los principales contribuyentes a los descubrimientos de que existen miles de smORFs de 10 a 100 aminoácidos transcritas y potencialmente funcionales en todos los genomas de metazoos, y que cientos si no miles de ellas se traducen (ver publicaciones del grupo). Sin embargo, miles de smORFs permanecen sin caracterizar en nuestros genomas, cuando, a juzgar por nuestros resultados anteriores y los de otros investigadores, sus péptidos pueden estar involucrados en procesos de importancia biológica y médica. El problema más acuciante en estos momentos es que, dada la secuencia de una smORF, no se puede predecir si se traduce o no, ni su posible función a nivel molecular, ni celular. Nuestra investigación pretende cambiar esta situación y dotarnos de una capacidad predictiva similar a la que se dispone con secuencias codificantes canónicas. Nuestra visión es que existen distintas clases de smORFs, con características definidas en sus secuencias, la estructura de sus tránscritos, y sus funciones celulares y moleculares.
Proponemos:
Tenemos la intención de sacar provecho de avances técnicos recientes: Ribo-Seq, que permite la identificación de smORFs traducidas en todo el genoma; CRISPR, para la generación rápida y precisa de mutaciones en smORFs; y nuestro métodos bioinformáticos para la detección de smORFs funcionales. También nos beneficiaremos de nuestras colaboraciones en curso con colegas líderes en otras técnicas a emplear. De esta manera, este proyecto planea aprovechar nuestra experiencia y posición en el campo emergente de las pautas de lectura cortas para llevar a cabo un proyecto multidisciplinario y desentrañar líneas maestras de la función de las pautas de lectura cortas a nivel celular y molecular. Además de los avances propuestos, nuestros resultados deberían generar nuevas vías de investigación para futuros proyectos, colaboradores y en general el resto del ámbito científico.
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