.

Grupos de investigación

Regulación génica y morfogénesis

Prof Juan Pablo Couso. CSIC
Genetics and functional genomics of genes with small open reading frames
Prof Juan Pablo Couso. CSIC
Principal Investigator

» Resumen » Cinco publicaciones relevantes » Miembros del laboratorio y Colaboradores » back to research groups


Resumen

Las pautas de lectura cortas de menos de 100 codones son un misterio omnipresente en los genomas animales, y sin embargo, son fundamentales para nuestra comprensión de funciones peptídicas y de los ARN presuntamente no codificantes. Nuestro grupo es uno de los principales contribuyentes a los descubrimientos de que existen miles de smORFs de 10 a 100 aminoácidos transcritas y potencialmente funcionales en todos los genomas de metazoos, y que cientos si no miles de ellas se traducen (ver publicaciones del grupo). Sin embargo, miles de smORFs permanecen sin caracterizar en nuestros genomas, cuando, a juzgar por nuestros resultados anteriores y los de otros investigadores, sus péptidos pueden estar involucrados en procesos de importancia biológica y médica. El problema más acuciante en estos momentos es que, dada la secuencia de una smORF, no se puede predecir si se traduce o no, ni su posible función a nivel molecular, ni celular. Nuestra investigación pretende cambiar esta situación y dotarnos de una capacidad predictiva similar a la que se dispone con secuencias codificantes canónicas. Nuestra visión es que existen distintas clases de smORFs, con características definidas en sus secuencias, la estructura de sus tránscritos, y sus funciones celulares y moleculares.



 

Proponemos:

1)            Verificar la función de varios motivos peptídicos que hemos identificado en pautas cortas, mediante un flujo experimental que combina cribas experimentales amplias seguidas de la caracterización molecular de las pautas cortas mas relevantes;

2)            Aclarar el estatus codificante o no de los ARN presuntamente no codificantes de Drosophila, y testar su relevancia funcional, mediante una combinación de métodos bioinformáticos y cribas experimentales.

Tenemos la intención de sacar provecho de avances técnicos recientes: Ribo-Seq, que permite la identificación de smORFs traducidas en todo el genoma; CRISPR, para la generación rápida y precisa de mutaciones en smORFs; y nuestro métodos bioinformáticos para la detección de smORFs funcionales. También nos beneficiaremos de nuestras colaboraciones en curso con colegas líderes en otras técnicas a emplear. De esta manera, este proyecto planea aprovechar nuestra experiencia y posición en el campo emergente de las pautas de lectura cortas para llevar a cabo un proyecto multidisciplinario y desentrañar líneas maestras de la función de las pautas de lectura cortas a nivel celular y molecular. Además de los avances propuestos, nuestros resultados deberían generar nuevas vías de investigación para futuros proyectos, colaboradores y en general el resto del ámbito científico.